小女孩参宿随父母和弟弟乘坐邮轮旅行。后妈与霸道的弟弟，还有总是冷落她的生父，让她觉得自己是局外人。遭遇海难之后，她被卷入海底，结识了言行怪异却本性善良的船长南河，她在寻找亲生母亲的同时，展开了一次匪夷所思的深海旅行……

谜一般的Meru王子和他的随从Maru在一次海难中出现。某天，他决定迎聚一位公主，而他所锁定的目标居然是夏美，甚至还掳走了她。Keroro等人于是展开“救出夏美大作战”。另一方面，夏美受到Meru王子的高度礼遇，居住在借由她的记忆所投射出来的夏美城。她似乎因为自己的存在受到重视而乐在其中。但是同时，Meru又想把地球变成全都是水的星球，就像他们的故乡一样。Keroro等人能否成功救出夏美，守护地球？